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小智派出了妙蛙种子战斗，拓也直接叫出了大岩蛇，大岩蛇巨大的身躯一出来就给小智小刚带来了很大的震撼。
“好大的大岩蛇，已经是小刚的大岩蛇体型的两倍以上，而且发育得非常的好。”小智赞叹道,不过小智和他的妙蛙种子似乎并不怕拓也的这个大家伙，仍然斗志旺盛。
小智指挥妙蛙种子使出飞叶快刀攻击，拓也指挥大岩蛇使出挖洞，大岩蛇从地下发动攻击，一下就打飞了妙蛙种子，接着大岩蛇乘胜追击，直接使出了铁尾结果了妙蛙种子。
妙蛙种子完全昏了，叫都叫不醒的那种。
拓也觉得这只大岩蛇暂时不需要接受自己的训练了，论实力拓也觉得自己的神奇宝贝之中可能只有喷火龙它们才能与其对抗吧。
又是在研究所待了一天，拓也训练着他的神奇宝贝们，路卡利欧和喷火龙又是很拼命地在那里竞争，对于它们拓也已经不是担心它们会懈怠，而是开始担心它们两个会不会把身体搞垮。
第三天，小艾和光子她们还没有回来，拓也就准备外出看看，家里已经拜托大木博士了，所以没问题，拓也除了留在大木研究所的化石翼龙，大针蜂，暴鲤龙和两只哈克龙，其余的神奇宝贝拓也已经全部收回了世界之岛，当然，闪电鸟和急冻鸟也在其中。
这次拓也出来的目的也是做一些特训，其实在大木研究所不是不能训练，而是要被大木博士拉去当苦力的。
拓也来到了一条小溪边，看看时间也不早了，便准备在这里吃午饭，拓也放出了神奇宝贝们，两天以来拓也和神奇宝贝们交流了很多，神奇宝贝也逐渐适应拓也的训练模式，拓也也不着急，毕竟离石英大会还有一段时间。
“穿山王，使出挖洞！”
“妙蛙草，使出地震！”
午饭后拓也同时指挥着穿山王和妙蛙草互相对战，妙蛙草很聪明，在拓也不知不觉中也学会了地震，穿山王面对会使用地震的妙蛙草打得很辛苦，不过还是用破坏死光打倒了妙蛙草。
“辛苦了，穿山王，你表现得很好。”拓也蹲下来说道，表现得很好，自然要得到夸奖，但同时拓也也不忘记夸奖妙蛙草，让它不要气馁，继续努力。
“好了，你们两个休息一下，勇吉拉和鬼斯通训练继续！”拓也说道，叫来了勇吉拉和鬼斯通，勇吉拉面对活了几千年的鬼斯通显得意外的平静，看见拓也在自己旁边，笑了。
拓也指挥勇吉拉连续使出幻想光进攻，然后拓也接着指挥鬼斯通避开，不过鬼斯通有段时间没有好好战斗了，动作显得有点僵硬，被幻想光打中了好几下，鬼斯通使出影子球攻击，一招就把自己超过的等级显示了出来,无论是速度，威力都比勇吉拉大上很多，一下子就震撼了勇吉拉，一发影子球被勇吉拉用瞬间移动躲开打在了一旁的岩壁上，把岩壁炸了开来，接着是一个遗迹出现在了拓也面前。
拓也喊回了神奇宝贝们，走上前去，在岩石里翻了起来，发现了一个黄色，带着花纹，两边是圆锥中间是圆柱的东西和一个有着同样花纹的勺子，不解的说道：“这是什么啊？”
“这个……不会错了！”突然，一只手从拓也中抢过了宝物，拓也一看，是一个带着探索者帽子的女孩，她正拿着放大镜看着宝物，然后她就跑了开来，和旁边的胖子团长说起了话：“团长，发现金色之眼了！”
“那个，这东西是我发现的，能告诉我你们是谁吗？”拓也上前问道。
“只这样啊，真是谢谢你了，我叫做怀特。”怀特握着拓也的手，说道，说完后马上又回头和那个胖子团长讲话，拓也很无语，只能在一旁等他们把话讲完。
接着，怀特邀请拓也去他们的帐篷里，给拓也讲起了古代的神奇宝贝文明。
“这个土偶是可达鸭吗？”拓也问道：“既然会崇拜可达鸭，超古代文明真的不可小看。”
接着拓也想到了小霞的那只可达鸭，突然就很出戏。
“我也看过一些相关的书籍，我记得书上好像是写发生了天灾地变，一夕之间消失的古代都市，没错吧。”拓也说道：“他们把神奇宝贝当成超自然的力量加以崇拜，虽然地点一直没有找到，该不会就是这里吧！”
“在这座山上挖掘到的东西证实了那个传说，刚开始呢.....”怀特还没说完。
“博士！博士！”那个胖子团长大叫着，跑了进来，手上拿着一只带花纹的勺子：“你看这个。”
“是跟黄金之眼一样的结晶，你是在哪里找到的？”怀特拿起勺子问道。
“在铜器后面发现的。”胖子团长说道。
“神奇宝贝文明的两个力量，难道是指这个？”怀特自言自语道。
“力量？”拓也不明白。
接着，怀特拿出了一块石板，开始为拓也翻译上面的神奇宝贝文字：“毁灭世界的两股力量，黑色的黑暗，染黑了天空，金色的眼眸，染乱了气，把世界一分为二的争端，使得人们束手无策，天空开启了异界之门，这个时候，把一切都平息下来的力量，化成了圆球回到地平线底下。”
“不是很听得懂。”拓也如实说道。
“就是听不懂，我才想要解开这个谜题啊。”怀特兴奋摇了摇手中的勺子道：“为什么神奇宝贝文明会消失。”
这时没人发现，他们身后的黄金之眼发出了一阵微弱的光芒，但是很快就黯淡下去。
拓也也很好奇，便参与了怀特等人的挖掘工作，可第一天的挖掘工作并没有什么实质性的进展，吃过晚饭大伙就去休息了，打算第二天继续挖掘。
第二天一早，拓也还在睡梦中，怀特等人就已经开始继续挖掘工作了。
“博士！博士！”那个胖子团长又大叫着，拓也也被他的叫声给吵醒了。
“怎么了吗？”怀特问道。
“我们在外面发现了可能代表黑色黑暗的东西，只是你说过那东西很危险，所以我们还没碰，想等博士你去看看。”胖子团长说道。
拓也闻言，马上起身跑了出去，然后接着朝胖子团长他们跑去。
拓也跑到了遗迹前，看到了地上的那个东西，那东西两边是两个圆球，中间用圆柱连接，是纯黑的。
“团长，多带上几层手套，然后拿进来吧。”怀特说道。
拓也暴汗，心想这就是你们对待危险物品的防护措施？
胖子团长又往手上套了3双手套，然后伸手去拿那东西，刚拿到手里，胖子团长身体就变成红色，然后被收了进去，简直就像神奇宝贝被收进神奇宝贝球里一样，在场的人全都吓到了，黑色的东西飘了起来。
“这到底是什么东西？”怀特大喊道。
“所有人快跑。”拓也的关注点可不像怀特一样，赶紧喊着让所有人快跑。
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